本罪与非罪的界限
依本条之规定，生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，只有使生产遭受较大损失的，才构成本罪。如果没有使生产遭受较大损失的，就不构成本罪。另外，行为人生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，虽没有使生产遭受较大损失的，但销售数额在五万元以上的，应按生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。
本罪与生产、销售伪劣产品罪的界限
1、侵犯的客体不同。前者侵犯了国家对农用生产资料的监督管理制度和农业生产；后者则侵犯了国家产品质量监督管理制度和消费者的合法权益。
2、犯罪对象不同。前者的犯罪对象是农药、兽药、化肥、种子。后者犯罪对象的范围很广泛。
3、构成犯罪的标准不同。前者的犯罪构成要求使生产遭受较大损失的，才构成本罪。而后者则是数额犯、其犯罪构成要求“销售金额在五万元以上”。
依本节第149条之规定，生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，不构成本罪，但是销售金额在五万元以上的，依照生产、销售伪劣产品罪的规定处罚。生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，构成生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪，同时又构成生产、销笛伪劣产品罪的，依照处罚较重的规定处罚。
本罪与破坏生产经营罪的界限
认定本罪要注意与破坏生产经营罪的区别。其主要是：
（1）本罪一般是出于非法牟利的目的，后罪则是出于泄愤报复或者其他个人目的；
（2）本罪在客观方面一现为生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子并使生产遭受较大损失的行为。行为与结果之间并非直接相连，而是通过消费者购买并使用了所生产、销售的农药、兽药、化肥、种子后才发生危害结果的。生产、销售的行为与危害结果之间有一段相当长的时间；而后罪则是采用毁坏机器设备、残害耕畜等直接方法破坏生产经营，行为与危害结果之间直接相连，没有被害人从中介人这一因素；
（3）本罪所侵害的客体是国家有关农药、兽药、化肥、种子等农用生产资料质量的管理制度和农业生产，对象具有不特定性，后罪的客体则是某一单位的生产经营，对象具有特定性；
（4）本罪的主体不仅限于自然人，而且还包括单位；而后罪的主体则只有自然人才能构成。
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